De veiligheidsvoorziening omvat de passieve zaken als frontale airbags, rolbeugels en gordelspanners met spankrachtbegrenzers terwijl op het actief enkel het ABS-systeem met elektronische remkrachtverdeler staat. Honda gebruikte wel een speciale techniek, die ze het “X-bone frame” noemen, dat een voor een open sportwagen uitstekende stijfheid moet garanderen. Dat het efficiënt is blijkt uit de laatste tests van de EuroNCAP, de Europese organisatie die crashtests uitvoert, waar de Honda S2000 een score van 4 sterren op een maximum van 5 haalde.