De X3 komt met maximaal 8 airbags. De frontale en laterale exemplaren zijn net als gordijnairbags standaard. Zijdelingse plofkussens achteraan zijn een optie. Uiteraard heeft de constructeur driepuntsgordels met de nodige spanners en spankrachtbegrenzers voorzien op alle zitplaatsen. Voor de veilige plaatsing van een kinderzitje zijn ISOFIX bevestigingspunten voorzien. De actieve systemen bestaan uit ABS met remkrachtverdeler, tractiecontrole en stabiliteitscontrole. Met recht claimt BMW dat ook de stijve koetswerkstructuur en de vierwielbesturing een groot aandeel hebben in het realiseren van een hoog veiligheidsniveau. De structuur met een zelfdragend koetswerk heeft als voordeel ten opzichte van grotere en zwaardere 4x4’s met een ladderchassis (die zeldzaam worden), dat kreukelzones nauwkeuriger geïmplementeerd kunnen worden en beter werken. Voor de structuur wordt selectief gebruik gemaakt van ultrasterk staal om de geleiding van de bij een botsing vrijgekomen energie beter te kunnen controleren. In de deuren zitten diagonaal opgestelde verstevigingsbalken die een zijdelingse intrusie tot een minimum moeten beperken.